Le finalità del Consorzio sono quelle definite nell'articolo 1 della Legge Regionale n. 5 del 26 febbraio 1999 e consistono nella gestione unitaria del complesso di ecosistemi del Molentargius – Saline facenti parte del Parco, garantendo, anche in considerazione della loro rilevanza internazionale, la conservazione e la valorizzazione delle risorse naturali, ambientali, storiche e culturali, la loro fruizione sociale, la promozione della ricerca scientifica e della didattica ambientale, nonché lo sviluppo delle attività economiche compatibili, in primo luogo di quelle connesse con la produzione del sale, quelle tradizionali, agricole, zootecniche, artigianali e turistiche e la riqualificazione ecologica degli insediamenti.